De Sint-Coletakerk beschikt over een uniek orgel dat uitermate geschikt is voor orgelconcerten en –repetities.
Oorspronkelijk was het orgel in de Sint-Coletakerk nochtans een bescheiden instrument,
met één klavier, zes registers en een aangehangen pedaal,
allemaal ingewerkt in de rechter orgelkast in 1890 door de Geraardbergse orgelbouwer Charles Anneessens.
In 1947 pas onderging het orgel door de zoon Jules Anneessens ingrijpende veranderingen.
Hij plaatste in de linkerkast een zogenaamd kleinorgel met tweede klavier, nl. het reciet en een zelfstandig pedaal.
Het aantal registers werd uitgebreid van zes tot zeventien.
Het orgel werd opnieuw grondig onder handen genomen in 1998.
Stad Gent en de provincie Oost-Vlaanderen financierden toen een grootschalige restauratie van het orgel,
uitgevoerd door de orgelbouwer Bertrand Couvreur van “Les artisans facteurs d’orgues et clavecins de Tournai”.
Dit alles onder leiding van Herman Streulens, orgeldeskundige te Gent.
Tijdens de restauratiewerken ontdekte men onder het laagje zilverkleurige verf prachtige bladmotieven in geometrische figuren.
De orgelpijpen werden in hun oude glorie hersteld en zijn uniek in hun soort en van grote artistieke waarde.